HorTarget®
使用 HorTarget® 基於 PCR 的文庫製備、illumina® 邊合成邊定序 (SBS) 結合(NGS) 技術和自動化分析,研究人員可以同時分析 DNA 和 RNA。
從小於 1 ng 的高品質的 DNA 和 RNA(建議 10 ng 來自 FFPE 組織的 DNA 和 RNA)開始,該平台可以研究與多種癌症類型相關的基因,包括肺癌、結腸癌、乳腺癌、卵巢癌、黑色素瘤和前列腺癌。低輸入的樣本要求可以適用於各種樣品類型,包括福馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織或是實體腫瘤組織。
HorTarget® 能夠快速準確地評估轉化和臨床腫瘤學研究的基因組變異。
項目 | 規格內容 |
檢測基因數量 | 52 |
基因變異檢測類型 | 單核苷酸變異(SNVs: single nucleotide variations),小片段嵌入或刪除變異(indels: insertions/deletions),拷貝數變異(CNVs: copy number variants),基因融合(genefusion) |
擴增子數量 | DNA : 269, RNA : 284 |
DNA/RNA 輸入需求量 | 1-100 ng (建議量 10 ng/pool) |
No. of pools per panel | 1 pool for DNA panel, 1 pool for RNA panel, |
適用檢體類型 | FFPE 檢體、血液檢體 |
標的基因的有效覆蓋率(當定序深度達到500倍以上,且總資料輸出達到建議通量時) | >95% |
覆蓋一致性(標的基因區段至少達到 0.2倍平均覆蓋率) | >95% |
有效序列比對率(Percent On-Target Aligned Reads) | >80% |
HorTarget® 採用illumina®的分析套組(Targeted Resequencing Assay ),用於對 52 個已知與實體瘤相關的基因進行特異性突變位點分析。
DNA基因列表 | |||
AKT1 | ALK | AR | BRAF |
CCND1 | CDK4 | CDK6 | CTNNB1 |
DDR2 | EGFR | ERBB2 | ERBB3 |
ERBB4 | ESR1 | FGFR1 | FGFR2 |
FGFR3 | FGFR4 | GNA11 | GNAQ |
HRAS | IDH1 | IDH2 | JAK1 |
JAK2 | JAK3 | KIT | KRAS |
MAP2K1 | MAP2K2 | MET | MTOR |
MYC | MYCN | NRAS | PDGFRA |
PIK3CA | RAF1 | RET | ROS1 |
SMO |
RNA基因列表 | |||
ABL1 | ALK | AKT3 | AXL |
BRAF | EGFR | ERBB2 | ERG |
ETV1 | ETV4 | ETV5 | FGFR1 |
FGFR2 | FGFR3 | MET | NTRK1 |
NTRK2 | NTRK3 | PDGFRA | PPARG |
RAF1 | RET | ROS1 |
標靶用藥相關基因(42) | |||
ABL1 | AKT1 | ALK | AR |
BRAF | CCND1 | CDK4 | CDK6 |
CTNNB1 | DDR2 | EGFR | ERBB2 |
ERBB3 | ERBB4 | ESR1 | FGFR1 |
FGFR2 | FGFR3 | FGFR4 | GNAQ |
HRAS | IDH1 | IDH2 | JAK3 |
KIT | KRAS | MAP2K1 | MAP2K2 |
MET | MTOR | MYC | MYCN |
NRAS | NTRK1 | NTRK2 | NTRK3 |
PDGFRA | PIK3CA | RAF1 | RET |
ROS1 | SMO | ||
免疫治療相關基因(4) | |||
ALK | EGFR | JAK1 | JAK2 |
遺傳性腫瘤相關基因(4) | |||
CDK4 | CDK6 | KIT | PDGFRA |
- 提供FDA該適應症藥物、新增其他適應症參考藥物。
- 明確標示抗藥性基因位點與相關藥物。
- 專業諮詢師進行報告輔助說明。
- 協助分析提供最新相關治療方案。
HorTarget® 與實體瘤相關的 52 個關鍵基因中的數百個突變。 該平台的基因內容是根據已發表的文獻、當前指南(國家綜合癌症網絡『NCCN』、分子病理學協會『AMP』、國病理學家學『CAP』、歐洲腫瘤內科學會『ESMO』),及相關的臨床試驗選擇的。
HorTarget® 的分析報告可以提供 DNA 樣本中的單核苷酸變異 (SNV)、插入/缺失 (indel) 和拷貝數變異 (CNV),或 RNA 樣本中的基因融合變異。
石蠟包埋(FFPE)切片
- 1片H&E Stain切片
- 10片未經處理切片
- 表面積25mm2,腫瘤含量 ≥30%:5 μm厚度須提供 10 片切片
- 表面積25mm2,腫瘤含量 ≥20%:5 μm厚度須提供 15 片切片
- 表面積25mm2,腫瘤含量 ≥10%:5 μm厚度須提供 20 片切片
新鮮腫瘤穿刺組織
- 1片H&E Stain切片
- 20片未經處理切片
- 穿刺所涵蓋的腫瘤部位比例>50%